تولى علي شمخاني منصب الأمين العام للمجلس الأعلى للأمن القومي، في 10 سبتمبر (أيلول) 2013، واقترن توليه المنصب، بنقل صلاحيات المفاوضات النووية إلى وزارة الخارجية.